Apesar de muitas vezes a soja possa ter se tornado a planta que mais remete ao consumo dos vegetarianos e veganos, considerando seu constante uso para substituir a carne animal, entretanto ela nem de longe é algo consumido apenas por esse segmento da sociedade e talvez o uso destinado especificamente a esta população seja o menor dentre todos eles.
A maior parte da produção da soja brasileira está nas regiões centro-oeste e sul, com a maior parte da produção destinada a produção de combustíveis e para o uso na alimentação animal, sendo muito presente na alimentação dos animais da pecuária leiteira e de corte, bem como na produção de ração para animais domésticos.
Como dito anteriormente, a soja brasileira é muito utilizada na produção de biodiesel (combustível ecologicamente correto utilizado para automóveis ou para usinas termoelétricas).
Cada vez mais, o cultivo de soja no Brasil utiliza transgênicos, o que é facilmente verificável desde 2003 quando produtos contendo soja passaram a apresentar o símbolo de transgênicos, com o desenho criado pelo arquiteto Samyr Manoel de Vasconcellos, por meio de concurso público aberto naquele período.
Assim sendo, como tradicionalmente ocorre na agricultura convencional e na agricultura mecanizada, a soja é plantada principalmente em latifúndios monocultores, utilizando largamente produtos químicos (agrotóxicos) com a aplicação de técnicas de alto padrão, maquinário sofisticado e outros recursos disponíveis aos grandes produtores.
Com uma demanda elevadíssima no consumo da soja e com a sua produção sendo voltada principalmente em larga escala para abastecer tanto o comércio interior quanto exterior, o cultivo da soja tem sido um dos grandes causadores de um forte impacto ambiental negativo, tanto pela contaminação causada pelos agrotóxicos, quanto pelos constantes desmatamentos (muitas vezes ilegais) realizados para abrir terreno para as plantações.
Apesar de todo esse impacto ambiental, isso não quer dizer que toda a soja seja um problema deste ponto de vista. Existem muitas plantações de soja sustentáveis e até mesmo orgânicas, sendo elas especialmente valorizadas tanto no mercado interno como no externo.
Apesar de ser um produto mais valorizado no mercado, a soja orgânica sofre com o mesmo que outros produtos orgânicos: a demanda é muito alta, a produção convencional costuma ter custos menores por quilo produzido e ainda costuma produzir em maior quantidade e com menor perda, fazendo com que boa parte dos consumidores opte pela opção convencional por ser mais em conta (consequentemente atraindo mais produtores pelo custo-benefício).
O crescimento de pessoas buscando substituir ou reduzir a carne em suas alimentações, algo inclusive recomendado por ambientalistas de todo o mundo, tem feito com que a demanda por soja na alimentação humana aumente (embora ainda esteja longe de ser a principal destinação dela), o que constantemente facilita a disseminação de informações falsas sobre supostos riscos do consumo da soja.