Nos artrópodes a excreção é feita, na maioria deles, por meio de tubos de Malpighi, que são estruturas pouco mais evoluídas do que as nefrídias de uma minhoca, pois não lançam resíduos metabólicos na superfície corporal externa, mas sim no interior do intestino.
Dependendo do habitat de cada artrópode, esse pode eliminar amônia (crustáceos), ácido úrico (insetos diplópodos e quilópodos) ou guanina (aracnídeos). Os meios de excreção mais adequados para o ambiente terrestres são o ácido úrico e a guanina, pois são pouco tóxicos, exigindo pouca diluição.