A vegetação de Alagoas é marcada pelo clima e solo predominantes em cada região. No litoral, mangues e lagoas se sobressaem na paisagem alagoana – atribuindo nome ao estado, inclusive. Na porção mais árida, a oeste, o cenário da caatinga é atenuado com espécies mais resistentes à estiagem. Já no agreste, resquícios de Mata Atlântica podem ser encontrados em meio à transição entre a vegetação litorânea e a caatinga.
Manguezais e restingas se distribuem pelo litoral alagoano, na chamada Zona da Mata, que inclui porções mais continentais do estado. As restingas, mais próximas das faixas arenosas, se caracterizam pela vegetação rasteira. Em meio às espécies de pequeno porte, é possível encontrar ainda alguns arbustivos, de tamanho médio, como cajueiros e coqueiros. Por outro lado, manguezais se distribuem nas desembocaduras dos rios e se caracterizam por formações lodosas.
A área de Mata Atlântica do estado foi dizimada para a exploração de madeira e a abertura de terras na região, a fim da produção da cana-de-açúcar. A estimativa é de que a Mata Atlântica original cobria todo o litoral alagoano e adentrava em larga escala pelo estado, chegando, provavelmente, a municípios do Agreste Alagoano como Igaci e Palmeira dos Índios. Estima-se que apenas 6,04% da vegetação original ainda exista no território alagoano. Tais florestas são caracterizadas pelos tipos ombrófila densa, ombrófila aberta e estacional semidecidual. Dentre as espécies vegetais destacam-se as plantas epífitas (como aráceas, bromélias e orquídeas), além de árvores de maior porte (como imbiribas, muricis, sapucaias e visgueiros).
No oeste do estado, a caatinga predomina diante do cenário quente e seco. Sua cobertura equivale a 48% do território alagoano. A vegetação xerófita é marcada pela presença de cactáceas como mandacarus e xique-xiques. Pastos expostos também são encontrados em meio ao Sertão Alagoano, cobertos em algumas partes por espécies nativas de pequeno e médio porte, tais como cajueiros, juazeiros e umbuzeiros. Dos 13.000 km² de áreas originais de caatinga, restam menos de 11.000 km².
A fim de proteger a vegetação do território alagoano, 51 unidades de conversação foram instituídas, especialmente no leste do estado. Entre as áreas de proteção integral estão a Estação Ecológica de Murici, o Parque Municipal de Maceió e a Reserva Biológica da Pedra Talhada. No Agreste Alagoano, destacam-se o Monumento Natural do Rio São Francisco, o Parque Municipal da Pedra do Sino e o Refúgio da Vida Silvestre dos Morros Craunã e do Padre. Alagoas conta ainda com 33 Reservas Particulares do Patrimônio Natural (RPPNs), uma reserva extrativista e oito Áreas de Proteção Ambiental (APA).
Uma, em especial, se destaca pela similaridade com o Pantanal mato-grossense: a APA da Marituba do Peixe. Situada em uma área de 18.556 hectares, na divisa de Alagoas com Sergipe, o local é conhecido como Pantanal Alagoano. A área de várzea formada pelos rios Camondongo, Marituba, Perucaba e Piauí abriga 118 espécies de aves, 48 de peixes e 136 tipos de ervas medicinais.
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