A escravização indígena ocorreu desde o início da colonização portuguesa no Brasil. Ao chegarem na costa brasileira os europeus começaram a explorar a nova terra e carregar suas naus com pau-brasil e indígenas, que foram levados à Europa e já escravizados, especialmente nas atividades domésticas.
É a partir da demarcação e distribuição das capitanias hereditárias e do início das atividades produtivas que os europeus passaram a utilizar a mão de obra indígena como força de trabalho escravo. Desta forma os indígenas constituíam a base da economia colonial, ainda em formação.
Fazer do indígena um escravo foi um desafio para os portugueses. Precisavam manter uma relação amistosa com os nativos para garantir a ocupação do novo território e assegurar a defesa dele. Eram eles que defendiam os europeus de ataques de outros grupos, além de auxiliarem no conhecimento de trilhas, alimentos e locais em terras desconhecidas.
Muitos eram os grupos indígenas que habitavam as terras brasileiras no século XVI e as práticas de disputa entre eles era bastante comum, gerando, inclusive, prisioneiros. No início da colonização houve a venda de prisioneiros – que seriam destinados aos rituais antropofágicos – aos portugueses, que passaram a utilizá-los como mão de obra escrava. Mas esses poucos casos não eram suficientes para garantir a produção que esperavam os europeus. A partir do momento que o aprisionamento passou a ser encarado como negócio pelos portugueses, muda a configuração das relações de trabalho.
A questão moral era preocupação constante entre os portugueses. Foi preciso pensar numa forma de garantir a escravização ao mesmo tempo que a aliança com alguns grupos continuasse. Para isso os colonos separaram os indígenas entre aliados e inimigos, assim, garantiam diferente tratamento aos diversos grupos indígenas.
Tomé de Souza, primeiro Governador Geral em 1549, que vai determinar a relação entre portugueses e indígenas e estabelecer duas ações. A primeira diz respeito às garantias aos indígenas aliados. Estes tinham o direito à liberdade, que consistia em remuneração e propriedade coletiva da terra. A segunda é a garantia da presença dos jesuítas, que muito se envolveram com as questões indígenas.
A escravização passou então a ser permitida em duas situações: no resgate de prisioneiros de outros grupos e no que chamavam de guerra justa, que era garantida caso os indígenas atacassem os portugueses. Estes dois casos muitas vezes serviam de pretexto para obtenção de mais escravos, em situações por vezes forjadas.
Ao passo que a economia colonial se desenvolvia, como o caso do açúcar no Nordeste, os colonos passaram a utilizar a mão de obra escrava africana. Mesmo que o trabalho indígena continuasse existindo eles não formavam mais a base da força de trabalho colonial. Ainda que no Nordeste a substituição do trabalho indígena pelo africano tenha sido mais evidente não significa que o primeiro tenha deixado de acontecer.
Já no século XVII os jesuítas estavam em busca da proibição das expedições paulistas – bandeiras – para o interior, que visavam a conquista de cativos. Mesmo com a aprovação do Papa e do Rei para a proibição, na prática foi difícil de conter os bandeirantes.
Somente no século XVIII que a liberdade indígena é declarada, que, apesar dos diversos aspectos mostrando seu declínio, esta forma de exploração do trabalho ainda era bastante comum entre os paulistas.
Por fim é preciso salientar que a subjugação de indígenas e africanos foi base de todo o processo de colonização, a partir de justificativas religiosas, morais e científicas. Além disso cabe destacar que nem indígenas nem africanos foram passivos à colonização e são protagonistas de resistência através de revoltas ou mesmo da justiça colonial, pois adaptaram-se ao sistema jurídico para resistir à colonização.