Vestígios arqueológicos datam a presença dos homens no arquipélago da Indonésia desde a pré-história. Por volta de 300 a.C, tribos originárias da Ásia se espalharam pelas ilhas e povoaram o arquipélago. Os casamentos entre os asiáticos e os nativos formaram diferentes etnias, em diferentes ilhas.
Vários reinos budistas e hindus foram formados principalmente nas ilhas de Java e Sumatra entre os séculos VII e XIV. No século IX foi construído em Java o Borobundur, o maior monumento budista do mundo.
O navegador Marco Polo registrou sua passagem pelo Estreito de Malaca e sua escala em Sumatra em 1292.
No século XII os árabes da Índia chegaram à região, trazendo consigo o islamismo, que a partir de então começou a dominar algumas ilhas do arquipélago.
Os europeus chegaram em 1511, quando Afonso de Albuquerque invadiu as Ilhas Malucas. O Objetivo era controlar o comércio das especiarias, criando naquela região alguns entrepostos de comércio. Os holandeses e sua Companhia Holandesa das Índias Orientais invadiram e se estabeleceram na região no século XVII, passando a chamar a área de Índias Orientais Holandesas. Todo o arquipélago passou então a ser colônia da Holanda, exceto a região do Timor, que permaneceu como colônia de Portugual.
Durante a Segunda Guerra Mundial, em 1942, o Japão invadiu e se apossou do arquipélago. Com o fim da Guerra o líder Sukarno, declarou a independência da Indonésia com o apoio dos japoneses. Os aliados uniram-se então a Holanda para retomar sua colônia. Deu-se então inicio a Revolução Nacional Indonésia, que representava a luta pela independência. A guerra durou 4 anos, acabando quando a Holanda reconheceu a independência do país após fortes pressões internacionais, em 27 de dezembro de 1949. Embora só tenha tido sua independência reconhecida em 1949, a República da Indonésia oficialmente nasceu antes, no dia de 17 de Agosto de 1945. Um dos líderes nacionalistas foi o primeiro presidente da nova República: Sukarno.
Em 1965, Sukarno sofre uma tentativa de golpe de estado, que foi impedido pelo general militar Suharto. O general aproveitou-se da situação e após alguns massacres, tomou o poder da Indonésia. Suharto foi reeleito pelo povo por 5 vezes consecutivas, sendo obrigado a renunciar em 1997, pressionado pela crise financeira anunciada. O vice-presidente B. J. Habibie é empossado em seu lugar e permanece no cargo até 1999, quando concorreu a reeleição e perdeu para a filha de Sukarno, Megawati Sukarnoputri.
Megawati não foi empossada nessa ocasião, pois seu partido a substituiu por Abdurrahman Wahid. Em 2001, devido ao conflito no Timor-Leste, Megawati assumiu a presidência. O atual presidente é Susilo Bambang Yudhoyono, primeiro presidente eleito pelo voto direto na Indonésia, em 2004, para um mandato de 5 anos.
Em 2004, uma região próxima à ilha de Sumatra foi o epicentro do maior terremoto dos últimos tempos, de 8,9 graus da escala de Richter. O terremoto deu origem a maremotos que assolaram vários países da região, inclusive a própria Indonésia, causando a morte de milhares de pessoas.
Texto originalmente publicado em https://www.infoescola.com/indonesia/historia-da-indonesia/