Pode-se afirmar que a Psicologia Profunda tem suas raízes nas teorias e na práxis freudiana. Alguns estudiosos indicam o ano de 1896 como o princípio desta disciplina, pois ele foi marcado pelo estudo e a organização classificatória das neuroses por Sigmund Freud, o criador da Psicanálise. Ele escreveu, neste momento, um texto fundamental para a compreensão destes distúrbios psíquicos, Sobre a Etiologia da Histeria, pesquisa que leva Freud a concluir que é muito difícil discernir, na esfera do inconsciente, entre fantasia e lembrança.
Freud e seus discípulos, entre eles Carl Gustav Jung, não concederam à presença de memórias omitidas o mesmo cuidado que dedicaram à investigação do conteúdo do recém-descoberto universo da inconsciência. Esta reviravolta nos estudos psicanalíticos provocou também uma mudança essencial nos atendimentos clínicos, principalmente com a inserção das técnicas de interpretação onírica como ferramentas primordiais da análise psicoterápica.
Os sonhos se revelaram, para Freud, um material precioso, pela característica peculiar que os perpassam, ou seja, por deterem uma dimensão latente e outra manifesta. Este conteúdo se apresenta diante das pessoas como uma máscara distorcida da natureza oculta do sonho em questão, atendendo assim às necessidades da psique, no que se refere às censuras do inconsciente.
Todas as transformações introduzidas por Freud nos estudos sobre a mente humana ofereceram a seus seguidores a chave imprescindível para que melhor se compreenda o funcionamento do inconsciente. O encontro entre Freud e Jung determinou, porém, novos rumos nestas pesquisas.
Jung definiu, em 1948, a expressão Psicologia Profunda como um elemento extraído da terminologia psicológica da Medicina, adotado por Eugen Bleuler, ao se referir à disciplina que estuda os fenômenos da esfera inconsciente. Neste momento, ainda não radicalmente divorciado das idéias freudianas, seu herdeiro aponta o mestre como o real criador desta vertente, a partir da construção do que se conhece como Psicanálise. Ele também indica Alfred Adler, cultor da psicologia individual, como um seguidor das idéias cultivadas por Freud, mas logo percebe que há em sua teoria uma visão distinta, a qual deixa de lado a ênfase nos fatores sexuais, preconizados por Freud, e destaca a importância dos ímpetos de poder.
Embora Jung tenha plena consciência do quanto deve a Freud, ele percebe claramente a necessidade de ir além das limitadas conotações sexuais freudianas, estendendo ainda mais as investigações sobre o inconsciente. Para ele, não habitavam esta esfera apenas desejos reprimidos individuais, mas principalmente fatores coletivos. Seguindo este caminho, ele formula os conceitos de inconsciente coletivo e de arquétipos.
Em 1947, Igor Caruso, autor de uma vasta obra, criou o Círculo Vienense de Psicologia Profunda, tentando unir a Psicanálise a outras vertentes do pensamento e ao Cristianismo. Este grupo pretendia acolher as mais diversas filiações intelectuais e religiosas. Neste contexto de pós-guerra, esta iniciativa propiciou a vivência de uma diversidade cultural muito rica, abrangendo pesquisas sobre psicanálise, psicologia analítica e existencial, ecumenismo, psicologia genética, etologia, antropologia, filosofia, entre outras disciplinas.
O Círculo atrai pensadores dos mais diversos ramos do conhecimento, mas também abre espaço para o estudo de uma ampla gama de estudiosos materialistas, como Marx, Engels, Lukács, ente outros, o que inclina cada vez mais Caruso, o criador do grupo, a uma aproximação crescente das propostas do materialismo dialético e das teorias freudianas. Isto leva à adoção, pela recém-criada Federação Internacional de Círculos de Psicologia Profunda, em 1966, das técnicas psicanalíticas convencionais.
Hoje a expressão Psicologia Profunda é raramente utilizada, sempre com o sentido de estudar e compreender os eventos que ocorrem no inconsciente. Aliada a terapias corporais, ela também pode ajudar a instituir uma interação entre as esferas da consciência e da inconsciência. Ela trabalha igualmente com símbolos, mitos e é constantemente aplicada às pesquisas religiosas, principalmente no campo da interpretação do Novo Testamento, e espirituais, com ênfase particular no Espiritismo, que se alia à compreensão do Evangelho, embora com uma visão bem distinta de seu conteúdo.