Esses táxons de flagelados heterotróficos podem ter uma pequena quantidade ou muitos flagelos distribuídos em grupos funcionais em apenas algumas das 700 espécies são de vida livre (Hexamita) em habitats anóxicos, porém a maioria das espécies vive anaerobicamente nos intestinos dos vertebrados e insetos, como baratas-da-madeira e cupins. Considerando o ambiente em que vivem (sem oxigênio), as mitocôndrias são ausentes e as células são especializadas para a glicólise em vez da respiração aeróbia. No caso da Giardia, certos genes mitocondriais e proteínas ocorrem, fazendo crer que a ausência das mitocôndrias é secundária e não primária.
Giardia Lamblia
Os retortamonádos, tais como Giardia lamblia, apresentam 4 flagelos. Esta espécie causa a doença Giardíase, com sintomas a diarréia com sangue. É um conhecido parasita intestinal muito comum. Ocorrendo frequentemente em crianças e pessoas que delas cuidam, também pode ser adquirida ao se beber água dos córregos, rios. O axostilado Trichomonas vaginalis é um pequeno parasita com 4 flagelos na região anterior, que habita o trato urogenital dos seres humanos que causam uma doença sexualmente transmissível muito difundida atualmente (Tricomoníase). Os tecidos vivos podem ser invadidos por esse parasita e as vaginas seriamente infectadas, produzindo um corrimento amarelo-esverdeado.
Trichonympha
Os axostilados tem um feixe de microtúbulos chamado axóstilo, que se estende junto ao comprimento da célula. Na maior parte das espécies, esse feixe apresenta função esqueletal como se fosse uma espinha intracelular, porém em algumas espécies mais primitivas, esse feixe ondula conferindo movimento de serpenteio à célula. Os axostilados derivados, tais como os hipermatigídeos mutualistas do intestino dos cupins e das baratas-da-madeira, tem centenas ou mesmo milhares de flagelos. Trichonympha é um bom exemplo desta categoria. Geralmente apresentam um corpo em formato de saco ou mesmo alongado, carecem de mitocôndrias, mas possuem corpúsculos de Golgi.
Muitos cupins e baratas xilófagas são dependentes dos seus hipermastigídeos para digestão da madeira. Contudo, os flagelados dependem da bactéria intra e extracelulares para a efetiva degradação da celulose.