A região de Jacareí começou a ser povoada no ano de 1652, época em que a área era conhecida pelo nome de Nossa Senhora da Conceição da Parayba. O movimento inicial de povoamento da cidade teve como principal personalidade Antônio Afonso, que tinha 3 filhos. No ano de 1653, Jacareí tornou-se uma vila e, em 1849, elevou-se à categoria de cidade.
A história da região remete à época em que o rio Paraíba era utilizado como um dos caminhos para chegar às minas gerais. Com a constante movimentação, a área acabou desenvolvendo-se e deixou de ser apenas uma pousada para tropeiros, tornando-se, em 1790, uma urbe progressista situada em meio à cultura cafeeira do Vale do Paraíba.
O início do povoamento da cidade de Jacareí, segundo alguns historiadores, ocorreu na Capela do Avareí. O segundo núcleo de desenvolvimento da região foi o Largo da Matriz, local que passou por um processo de urbanização durante os anos 30. Devido à sua importância histórica, o lugar começou a ser utilizado para a realização de celebrações centenárias que homenageiam a Imaculada Conceição, que é a padroeira da cidade. Oito de dezembro é o dia da padroeira e a data é considerada um feriado no município.
Em 1850 foi instalada oficialmente a Santa Casa de Misericórdia da cidade de Jacareí. Sua construção foi viabilizada através da força de trabalho escravo dos negros, que foi concedida por uma classe abastada de senhores. Além disso, parte da população arrecadou donativos para o desenvolvimento da edificação.
Após o término da primeira etapa da edificação da Santa Casa e estabelecimento das instalações básicas, que ocorreu no ano de 1854, a entidade entrou em funcionamento. Entre os anos de 1952 e 1969, houve a instituição oficial do Hino, Bandeira e Brasão do município.
O nome da região teve suas origens a partir de 1700, quando ainda era chamada de Vila de Paraíba. No ano de 1849, após se tornar um município, começa a ser conhecida como Jacareí e existem diversas explicações para a escolha deste nome. Uma das hipóteses explica que, na área, existia uma grande quantidade de jacarés que habitavam o Rio Paraíba do Sul e as lagoas do entorno. Em uma das reuniões que ocorriam perto da margem do rio, um dos cidadãos presentes fez uma observação sobre a quantidade de jacarés do local. Então surgiu o nome Jacareí. Há outra versão que explica a origem do nome da cidade a partir da língua tupi-guarani, na qual icare-ig é "Rio dos Jacarés".
Fontes:
http://www.jacarei.sp.gov.br/cidade/conheca-jacarei/historiahttp://embras.net.br/arquivos/portfolio/jacarei-sp-4
http://www.sitedejacarei.com.br/historia-de-jacarei