Os conceitos de segurança alimentar e de soberania alimentar se opõem na medida em que a segurança alimentar é a necessidade de garantir o acesso a alimentação de qualidade (que atenda as necessidades nutricionais) enquanto a soberania alimentar, muito ligada as questões de soberania econômica e política é a garantia de que um povo possa produzir alimentos da sua maneira sem depender de poderes externos.
O conceito de segurança alimentar foi modelado e adotado pela Organização das Nações Unidas para Alimentação e Agricultura (FAO), que se preocupa que as pessoas possam ter acesso ao básico para se manterem ativas e saudáveis (em termos alimentares).
Assim sendo, para garantir a segurança alimentar é necessário garantir a disponibilidade de alimentos para as pessoas, o que inclui investir na produção cada vez maior e mais distribuída de alimentos por meio de tecnologias contemporâneas.
Porém, especialmente para os países mais pobres e ainda mais para os pequenos produtores destes, muitas vezes esse investimento em maiores técnicas e tecnologias primando apenas pela maior produtividade, pode significar uma concorrência desleal de grandes empresas multinacionais e países estrangeiros.
Para evitar esse outro problema foi criado o conceito de soberania alimentar, o qual exige que os países e povos não sejam dependentes de outros e possam eles mesmos produzir sua alimentação de maneira soberana.
Um dos casos em que esses dois conceitos entram em disputa de forma mais nítida é na disputa acerca da produção dos alimentos transgênicos, especialmente os com sementes suicidas (terminator).
Alimentos transgênicos não são produtos da natureza, portanto, são patentes das grandes empresas multinacionais que os criaram. Para utilizá-las, é necessário pagar para essas empresas. Além disso, por serem mais resistentes, essas plantas tendem a substituir e eliminar a biodiversidade natural ao ocuparem o espaço de outras plantas nativas.
Para agravar, muitas dessas plantas são modificadas geneticamente para terem sementes suicidas (terminator), fazendo com que as sementes que são vendidas ao agricultor façam brotar uma planta da qual as sementes dela serão incapazes de produzir novas plantas.
As sementes suicidas acabam fazendo com que, a cada safra, o produtor tenha que recomprar as sementes diretamente com a empresa, não sendo possível extrair sementes da safra anterior e em caso de perda da safra o prejuízo se torna insustentável para o pequeno produtor.
Neste caso, os defensores da segurança alimentar acima da soberania alimentar defendem o uso em larga escala de transgênicos por serem mais resistentes, econômicos (no custo por safra) e produzirem mais de modo geral. Por sua vez, os defensores da prevalência da soberania alimentar entendem que eles colocam em risco as populações mais pobres, colocando-os em posição de dependência das grandes empresas multinacionais.
Há de se entender que apesar de serem conceitos criados em oposição, não significa que os defensores da soberania alimentar não se preocupem com a produção de alimentos para todos, apenas entendem que o maior problema não seria o aumento da produção e sim a necessária distribuição da mesma, garantindo condições do pequeno produtor local também dar a sua cota de contribuição e garantir o próprio sustento.